Muokataan sivua Poimintaongelma (biokemia)

'''Poimintaongelma''' (engl. ''sampling problem'') liittyy kysymykseen, miten yleistä peptidisekvenssien biologinen aktiivisuus on. Kysymyksen voi muotoilla täsmällisemmin mutta jonkin verran vaikeatajuisemmin: mikä on tietynpituisten biologisesti aktiivisten peptidisekvenssien lukumäärän (eli niiden muodostaman sekvenssialiavaruuden koon) suhde kaikkien mahdollisten samanpituisten peptidisekvenssien lukumäärään (eli niiden muodostaman sekvenssiavaruuden kokoon)?

Tämä kysymyksenasettelu on tärkeä pyrittäessä arvioimaan  [[evoluutioteoria|evoluutioteoreettisten]] mekanismien selitysriittävyyttä<ref>Jollekin havainnolle ehdotetun tietyn syntytavan selitysriittävyys (engl. ''explanatory sufficiency'') liittyy kysymykseen siitä, miten todennäköisesti tämä selitystarjokas riittäisi (olemassaollessaan, esiintyessään, voimassaollessaan tai toteutuessaan) saamaan aikaan havaitun selitettävän ilmiön: mitä todennäköisemmin näin tapahtuu, sitä riittävämpi kyseinen syntyskenaario on.</ref> ja selitysuskottavuutta<ref>Ehdotetun selityksen selitysuskottavuus (engl. ''explanatory likelihood'') riippuu suoraan sekä sen selitysriittävyydestä (engl. ''explanatory sufficiency'') että sen (olemassaolon, esiintymisen, voimassaolon tai toteutumisen) omasta (selitettävän ilmiön esiintymisestä riippumattomasta) alkuperäistodennäköisyydestä (engl. ''prior probability'').<br />Eri selitystapojen keskinäinen paremmuusvertailu on palautettavissa niiden selitysuskottavuusvertailuun: selityksen paremmuus (ja vastaavasti huonommuus) liittyy olennaisesti sen uskottavuuteen – uskottavin selitys täyttää selittämistehtävän parhaiten, ja näin ollen sitä voi perustellusti pitää parhaana selityksenä. Toisaalta selityksiltä voi ylipäänsäkin vaatia jonkinlaista vähimmäisuskottavuutta: jos selitys on liian epäuskottava, siihen ei ole mielekästä pitäytyä edes parempien selitysten puutteessakaan, vaan tällöin on järkevämpää myöntää, ettei kyseiselle havaintoilmiölle toistaiseksi tunneta mitään nykytiedon valossa mahdollista selitystä.</ref> eri proteiinien väitettyinä aikaansaajina.

==Esimerkkejä==
===β-laktamaasi===

Penisilliiniä hajottavan β-laktamaasientsyymin pituus on 153 aminohappoa. Kaikkia saman entsymaattisen funktion toteuttavia 153 aminohapon mittaisia sekvenssejä ei kylläkään pystytä tarkasti laskemaan, mutta koodisekvenssianalyysiin perustuva estimointi on antanut niiden lukumäärän (sekvenssialiavaruuden koon) suuruusluokka-arvioksi 10<sup>122</sup>. Käytettävissä olevista 20 proteogeenisestä aminohaposta muodostettavissa olevien, 153 aminohapon mittaisten eri sekvenssien lukumäärä (sekvenssiavaruuden koko) on kaikkiaan 20<sup>153</sup> ≈ 10<sup>199</sup>. Toisin sanoen todennäköisyys sille, että tästä sekvenssiavaruudesta sattumanvaraisesti poimittu sekvenssi ''S'' kuuluisi kyseiseen sekvenssialiavaruuteen eli että sillä olisi ko. entsymaattinen funktio ''E'', on yhtä kuin p(''E''|''S'') ≈ 10<sup>122</sup>/10<sup>199</sup> = 10<sup>-77</sup>. 
<ref name = "EvoKriitAna" >{{Kirjaviite 
| Tekijä = Siegfried Scherer, Reinhard Junker
| Nimeke = [[Evoluutio – kriittinen analyysi (kirja)| Evoluutio – kriittinen analyysi]] (2. suomalainen painos)
| Julkaisija = Datakirjat 
| Vuosi = 2007 
| Kappale = 
| Sivu = 329
| Selite = 
| Tunniste = 978-951-98558-4-4}}
</ref>{{,}}<ref name="Axe2004">
{{cite journal
|last1=Axe
|first1=Douglas D.
|title=Estimating the Prevalence of Protein Sequences Adopting Functional Enzyme Folds
|journal=Journal of Molecular Biology
|volume=341
|issue=5
|year=2004
|pages=1295–1315
|issn=00222836
|doi=10.1016/j.jmb.2004.06.058}}
</ref>


{{ElamanKehitys}}

==Viitteet==
{{viitteet}}