Poimintaongelma (biokemia) - Muutoshistoria

Samuli Koivisto: /* Viitteet */ +sarakkeet

2017-04-26T10:00:31Z

Viitteet: +sarakkeet

← Vanhempi versio		Versio 26. huhtikuuta 2017 kello 10.00
Rivi 34:		Rivi 34:

	==Viitteet==		==Viitteet==
	{{viitteet}}		{{viitteet\|sarakkeet}}

	[[Luokka:Suunnitteluteoria]]		[[Luokka:Suunnitteluteoria]]

Samuli Koivisto: +luokka

2015-07-04T20:13:53Z

+luokka

← Vanhempi versio		Versio 4. heinäkuuta 2015 kello 20.13
Rivi 30:		Rivi 30:
	\|doi=10.1016/j.jmb.2004.06.058}}		\|doi=10.1016/j.jmb.2004.06.058}}
	</ref>		</ref>


	{{ElamanKehitys}}		{{ElamanKehitys}}
Rivi 36:		Rivi 35:
	==Viitteet==		==Viitteet==
	{{viitteet}}		{{viitteet}}

			[[Luokka:Suunnitteluteoria]]

Apollos: lisätty "näkymätön rivinvaihto"

2013-10-13T15:14:24Z

lisätty "näkymätön rivinvaihto"

← Vanhempi versio		Versio 13. lokakuuta 2013 kello 15.14
Rivi 4:		Rivi 4:

	==Esimerkkejä==		==Esimerkkejä==

	===β-laktamaasi===		===β-laktamaasi===

Apollos: /* β-laktamaasi */ selkeytysyritys

2013-10-13T15:09:37Z

β-laktamaasi: selkeytysyritys

← Vanhempi versio		Versio 13. lokakuuta 2013 kello 15.09
Rivi 5:		Rivi 5:
	==Esimerkkejä==		==Esimerkkejä==
	===β-laktamaasi===		===β-laktamaasi===
	~~Penisiliiniä hajoittavan~~ β-~~laktamaasi entsyymin~~ pituus on 153 aminohappoa. ~~Kaikki mahdollisia~~ 153 aminohapon mittaisia sekvenssejä~~, joilla on sama entsymaattinen funktio,~~ ei pystytä tarkasti laskemaan, mutta niiden ~~määrä voidaan estimoida koodisekvenssien analysillä, joilloin on ko. määrälle on saatu~~ arvioksi 10<sup>122</sup>. ~~Yhteensä eri~~ 153 aminohapon ~~mittaisia sekvenssejä on~~ (~~kun käytettävissä~~ on ~~20 proteogeenistä aminohappoa)~~ 20<sup>153</sup> ≈ 10<sup>199</sup>. Toisin sanoen ko. ~~entsymaattisen funktion (~~E~~) löytäminen sattumanvaraisen sekvenssin S kautta~~ on p(E\|S) = 10<sup>122</sup>/10<sup>199</sup> = 10<sup>-77</sup>.
			Penisilliiniä hajottavan β-laktamaasientsyymin pituus on 153 aminohappoa. Kaikkia saman entsymaattisen funktion toteuttavia 153 aminohapon mittaisia sekvenssejä ei kylläkään pystytä tarkasti laskemaan, mutta koodisekvenssianalyysiin perustuva estimointi on antanut niiden lukumäärän (sekvenssialiavaruuden koon) suuruusluokka-arvioksi 10<sup>122</sup>. Käytettävissä olevista 20 proteogeenisestä aminohaposta muodostettavissa olevien, 153 aminohapon mittaisten eri sekvenssien lukumäärä (sekvenssiavaruuden koko) on kaikkiaan 20<sup>153</sup> ≈ 10<sup>199</sup>. Toisin sanoen todennäköisyys sille, että tästä sekvenssiavaruudesta sattumanvaraisesti poimittu sekvenssi ''S'' kuuluisi kyseiseen sekvenssialiavaruuteen eli että sillä olisi ko. entsymaattinen funktio ''E'', on yhtä kuin p(''E''\|''S'') ≈ 10<sup>122</sup>/10<sup>199</sup> = 10<sup>-77</sup>.
	<ref name = "EvoKriitAna" >{{Kirjaviite		<ref name = "EvoKriitAna" >{{Kirjaviite
	\| Tekijä = Siegfried Scherer, Reinhard Junker		\| Tekijä = Siegfried Scherer, Reinhard Junker
Rivi 31:		Rivi 32:

	{{ElamanKehitys}}		{{ElamanKehitys}}

	==Viitteet==		==Viitteet==
	{{viitteet}}		{{viitteet}}

Apollos: alun terminologista remontointia ja hiontaa

2013-10-13T14:38:32Z

alun terminologista remontointia ja hiontaa

← Vanhempi versio		Versio 13. lokakuuta 2013 kello 14.38
Rivi 1:		Rivi 1:
	'''Poimintaongelma''' (engl. ''sampling problem'') liittyy kysymykseen, miten yleistä peptidisekvenssien biologinen aktiivisuus on. Kysymyksen voi muotoilla täsmällisemmin mutta jonkin verran vaikeatajuisemmin: mikä on tietynpituisten biologisesti aktiivisten peptidisekvenssien lukumäärän (eli niiden muodostaman sekvenssialiavaruuden koon) suhde kaikkien mahdollisten samanpituisten peptidisekvenssien lukumäärään (eli niiden muodostaman sekvenssiavaruuden kokoon)?		'''Poimintaongelma''' (engl. ''sampling problem'') liittyy kysymykseen, miten yleistä peptidisekvenssien biologinen aktiivisuus on. Kysymyksen voi muotoilla täsmällisemmin mutta jonkin verran vaikeatajuisemmin: mikä on tietynpituisten biologisesti aktiivisten peptidisekvenssien lukumäärän (eli niiden muodostaman sekvenssialiavaruuden koon) suhde kaikkien mahdollisten samanpituisten peptidisekvenssien lukumäärään (eli niiden muodostaman sekvenssiavaruuden kokoon)?

	Tämä kysymyksenasettelu on tärkeä pyrittäessä arvioimaan [[evoluutioteoria\|evoluutioteoreettisten]] mekanismien ~~selitysuskottavuutta~~<ref>Jollekin havainnolle ehdotetun tietyn syntytavan ~~selitysuskottavuus~~ (engl. ''explanatory ~~likelihood~~'') liittyy kysymykseen siitä, miten todennäköisesti tämä selitystarjokas riittäisi (olemassaollessaan, esiintyessään, voimassaollessaan tai toteutuessaan) saamaan aikaan havaitun selitettävän ilmiön: mitä todennäköisemmin näin tapahtuu, sitä ~~uskottavampi~~ kyseinen ~~syntyselitys~~ on.</ref> ja ~~selitysvoimaa~~<ref>Ehdotetun selityksen ~~selitysvoima~~ (engl. ''explanatory ~~plausibility~~'') riippuu suoraan sekä sen ~~selitysuskottavuudesta~~ (engl. ''explanatory ~~likelihood~~'') että sen (olemassaolon, esiintymisen, voimassaolon tai toteutumisen) omasta (selitettävän ilmiön esiintymisestä riippumattomasta) alkuperäistodennäköisyydestä (engl. ''prior probability'').<br />Eri selitystapojen ~~keskinäistä paremmuutta voi arvioida~~ niiden ~~selitysvoimaa vertaamalla~~: ~~paremmalla selityksellä pitäisi ilmeisestikin olla suurempi selitysvoima~~, ~~joten selitysvoimaisempaa selitystä~~ voi perustellusti pitää ~~parempana~~. Toisaalta selityksiltä voi ylipäänsäkin vaatia jonkinlaista ~~vähimmäisselitysvoimaa~~: jos selitys on liian ~~voimaton~~, siihen ei ole mielekästä pitäytyä edes parempien selitysten puutteessakaan, vaan on järkevämpää myöntää, ettei kyseiselle havaintoilmiölle toistaiseksi tunneta mitään nykytiedon valossa mahdollista selitystä.</ref> eri proteiinien väitettyinä aikaansaajina.		Tämä kysymyksenasettelu on tärkeä pyrittäessä arvioimaan [[evoluutioteoria\|evoluutioteoreettisten]] mekanismien selitysriittävyyttä<ref>Jollekin havainnolle ehdotetun tietyn syntytavan selitysriittävyys (engl. ''explanatory sufficiency'') liittyy kysymykseen siitä, miten todennäköisesti tämä selitystarjokas riittäisi (olemassaollessaan, esiintyessään, voimassaollessaan tai toteutuessaan) saamaan aikaan havaitun selitettävän ilmiön: mitä todennäköisemmin näin tapahtuu, sitä riittävämpi kyseinen syntyskenaario on.</ref> ja selitysuskottavuutta<ref>Ehdotetun selityksen selitysuskottavuus (engl. ''explanatory likelihood'') riippuu suoraan sekä sen selitysriittävyydestä (engl. ''explanatory sufficiency'') että sen (olemassaolon, esiintymisen, voimassaolon tai toteutumisen) omasta (selitettävän ilmiön esiintymisestä riippumattomasta) alkuperäistodennäköisyydestä (engl. ''prior probability'').<br />Eri selitystapojen keskinäinen paremmuusvertailu on palautettavissa niiden selitysuskottavuusvertailuun: selityksen paremmuus (ja vastaavasti huonommuus) liittyy olennaisesti sen uskottavuuteen – uskottavin selitys täyttää selittämistehtävän parhaiten, ja näin ollen sitä voi perustellusti pitää parhaana selityksenä. Toisaalta selityksiltä voi ylipäänsäkin vaatia jonkinlaista vähimmäisuskottavuutta: jos selitys on liian epäuskottava, siihen ei ole mielekästä pitäytyä edes parempien selitysten puutteessakaan, vaan tällöin on järkevämpää myöntää, ettei kyseiselle havaintoilmiölle toistaiseksi tunneta mitään nykytiedon valossa mahdollista selitystä.</ref> eri proteiinien väitettyinä aikaansaajina.

	==Esimerkkejä==		==Esimerkkejä==

Apollos: artikkelinalun määrittelytarkennusyrittelyä

2013-10-13T13:17:13Z

artikkelinalun määrittelytarkennusyrittelyä

← Vanhempi versio		Versio 13. lokakuuta 2013 kello 13.17
Rivi 1:		Rivi 1:
	Poimintaongelma (engl. ''sampling problem'') ~~tarkastelee kuinka monella sekvenssiavaruuden peptidisekvenssillä~~ on ~~biologista aktiivisuutta~~. ~~Kysymys~~ on tärkeä ~~kun halutaan arvioida kuinka todennäköisesti~~ [[evoluutioteoria]]~~n mekanismit kykenevät selittämään~~ eri proteiinien ~~synnyn~~.		'''Poimintaongelma''' (engl. ''sampling problem'') liittyy kysymykseen, miten yleistä peptidisekvenssien biologinen aktiivisuus on. Kysymyksen voi muotoilla täsmällisemmin mutta jonkin verran vaikeatajuisemmin: mikä on tietynpituisten biologisesti aktiivisten peptidisekvenssien lukumäärän (eli niiden muodostaman sekvenssialiavaruuden koon) suhde kaikkien mahdollisten samanpituisten peptidisekvenssien lukumäärään (eli niiden muodostaman sekvenssiavaruuden kokoon)?

			Tämä kysymyksenasettelu on tärkeä pyrittäessä arvioimaan [[evoluutioteoria\|evoluutioteoreettisten]] mekanismien selitysuskottavuutta<ref>Jollekin havainnolle ehdotetun tietyn syntytavan selitysuskottavuus (engl. ''explanatory likelihood'') liittyy kysymykseen siitä, miten todennäköisesti tämä selitystarjokas riittäisi (olemassaollessaan, esiintyessään, voimassaollessaan tai toteutuessaan) saamaan aikaan havaitun selitettävän ilmiön: mitä todennäköisemmin näin tapahtuu, sitä uskottavampi kyseinen syntyselitys on.</ref> ja selitysvoimaa<ref>Ehdotetun selityksen selitysvoima (engl. ''explanatory plausibility'') riippuu suoraan sekä sen selitysuskottavuudesta (engl. ''explanatory likelihood'') että sen (olemassaolon, esiintymisen, voimassaolon tai toteutumisen) omasta (selitettävän ilmiön esiintymisestä riippumattomasta) alkuperäistodennäköisyydestä (engl. ''prior probability'').<br />Eri selitystapojen keskinäistä paremmuutta voi arvioida niiden selitysvoimaa vertaamalla: paremmalla selityksellä pitäisi ilmeisestikin olla suurempi selitysvoima, joten selitysvoimaisempaa selitystä voi perustellusti pitää parempana. Toisaalta selityksiltä voi ylipäänsäkin vaatia jonkinlaista vähimmäisselitysvoimaa: jos selitys on liian voimaton, siihen ei ole mielekästä pitäytyä edes parempien selitysten puutteessakaan, vaan on järkevämpää myöntää, ettei kyseiselle havaintoilmiölle toistaiseksi tunneta mitään nykytiedon valossa mahdollista selitystä.</ref> eri proteiinien väitettyinä aikaansaajina.

	==Esimerkkejä==		==Esimerkkejä==

Darter: navigaatiomalline

2013-10-03T07:10:38Z

navigaatiomalline

← Vanhempi versio		Versio 3. lokakuuta 2013 kello 07.10
Rivi 28:		Rivi 28:


			{{ElamanKehitys}}
	==Viitteet==		==Viitteet==
	{{viitteet}}		{{viitteet}}

Darter: ref-fix

2013-10-02T22:28:23Z

ref-fix

← Vanhempi versio		Versio 2. lokakuuta 2013 kello 22.28
Rivi 13:		Rivi 13:
	\| Selite =		\| Selite =
	\| Tunniste = 978-951-98558-4-4}}		\| Tunniste = 978-951-98558-4-4}}
	</ref><ref name="Axe2004">{{cite journal\|last1=Axe\|first1=Douglas D.\|title=Estimating the Prevalence of Protein Sequences Adopting Functional Enzyme Folds\|journal=Journal of Molecular Biology\|volume=341\|issue=5\|year=2004\|pages=1295–1315\|issn=00222836\|doi=10.1016/j.jmb.2004.06.058}}</ref>		</ref>{{,}}<ref name="Axe2004">
			{{cite journal
			\|last1=Axe
			\|first1=Douglas D.
			\|title=Estimating the Prevalence of Protein Sequences Adopting Functional Enzyme Folds
			\|journal=Journal of Molecular Biology
			\|volume=341
			\|issue=5
			\|year=2004
			\|pages=1295–1315
			\|issn=00222836
			\|doi=10.1016/j.jmb.2004.06.058}}
			</ref>


	==Viitteet==		==Viitteet==
	{{viitteet}}		{{viitteet}}

Darter: Viitteet

2013-10-02T22:25:00Z

Viitteet

← Vanhempi versio		Versio 2. lokakuuta 2013 kello 22.25
Rivi 16:		Rivi 16:


			==Viitteet==
	{{viitteet}}		{{viitteet}}

Darter: Työstöä

2013-10-02T22:24:31Z

Työstöä

Uusi sivu

Poimintaongelma (engl. ''sampling problem'') tarkastelee kuinka monella sekvenssiavaruuden peptidisekvenssillä on biologista aktiivisuutta. Kysymys on tärkeä kun halutaan arvioida kuinka todennäköisesti [[evoluutioteoria]]n mekanismit kykenevät selittämään eri proteiinien synnyn.

==Esimerkkejä==
===β-laktamaasi===
Penisiliiniä hajoittavan β-laktamaasi entsyymin pituus on 153 aminohappoa. Kaikki mahdollisia 153 aminohapon mittaisia sekvenssejä, joilla on sama entsymaattinen funktio, ei pystytä tarkasti laskemaan, mutta niiden määrä voidaan estimoida koodisekvenssien analysillä, joilloin on ko. määrälle on saatu arvioksi 10122. Yhteensä eri 153 aminohapon mittaisia sekvenssejä on (kun käytettävissä on 20 proteogeenistä aminohappoa) 20153 ≈ 10199. Toisin sanoen ko. entsymaattisen funktion (E) löytäminen sattumanvaraisen sekvenssin S kautta on p(E|S) = 10122/10199 = 10-77.
<ref name = "EvoKriitAna" >{{Kirjaviite
| Tekijä = Siegfried Scherer, Reinhard Junker
| Nimeke = [[Evoluutio – kriittinen analyysi (kirja)| Evoluutio – kriittinen analyysi]] (2. suomalainen painos)
| Julkaisija = Datakirjat
| Vuosi = 2007
| Kappale =
| Sivu = 329
| Selite =
| Tunniste = 978-951-98558-4-4}}
</ref><ref name="Axe2004">{{cite journal|last1=Axe|first1=Douglas D.|title=Estimating the Prevalence of Protein Sequences Adopting Functional Enzyme Folds|journal=Journal of Molecular Biology|volume=341|issue=5|year=2004|pages=1295–1315|issn=00222836|doi=10.1016/j.jmb.2004.06.058}}</ref>

{{viitteet}}