Eliömaailma rappeutuu (kirja) - Muutoshistoria

Samuli Koivisto: /* 3. Muita mutaatioita odotellessa */ selvempi ilmaus

2021-09-14T19:08:38Z

3. Muita mutaatioita odotellessa: selvempi ilmaus

← Vanhempi versio		Versio 14. syyskuuta 2021 kello 19.08
Rivi 253:		Rivi 253:
	=== 3. Muita mutaatioita odotellessa ===		=== 3. Muita mutaatioita odotellessa ===

	Kun ensimmäinen mutaatio on saatu vakiinnutettua populaatioon, täytyy myös loppujen 1000 muutoksen vakiintua populaatioon. Jokaisella näistä mutaatioista se vie noin 18 miljoonaa vuotta, eli kokonaisuudessaan 18 miljardia vuotta. Tämä on jo enemmän kuin mitä alkuräjähdyksestä on aikaa. Käytännössä myös useiden nukleotidien pitäisi muuttua kerralla ja vakiintua populaatioon, sillä yksittäinen nukleotidi ei vielä ~~itsessään~~ sisällä informaatiota. Jos valinta alkaa toimia esimerkiksi 12 nukleotidipaikan muututtua halutuiksi, niin odotusaika kasvaa tässä 10 000 yksilön ihmispopulaatiossa biljooniin vuosiin.		Kun ensimmäinen mutaatio on saatu vakiinnutettua populaatioon, täytyy myös loppujen 1000 muutoksen vakiintua populaatioon. Jokaisella näistä mutaatioista se vie noin 18 miljoonaa vuotta, eli kokonaisuudessaan 18 miljardia vuotta. Tämä on jo enemmän kuin mitä alkuräjähdyksestä on aikaa. Käytännössä myös useiden nukleotidien pitäisi muuttua kerralla ja vakiintua populaatioon, sillä yksittäinen nukleotidi ei vielä yksinään sisällä informaatiota. Jos valinta alkaa toimia esimerkiksi 12 nukleotidipaikan muututtua halutuiksi, niin odotusaika kasvaa tässä 10 000 yksilön ihmispopulaatiossa biljooniin vuosiin.

	=== 4. Haldanen dilemman odotus ===		=== 4. Haldanen dilemman odotus ===

Samuli Koivisto: /* Luku 9: Voiko luonnonvalinta luoda? */ piste pois otsikosta, linkitys

2021-03-13T17:55:44Z

Luku 9: Voiko luonnonvalinta luoda?: piste pois otsikosta, linkitys

← Vanhempi versio		Versio 13. maaliskuuta 2021 kello 17.55
Rivi 237:		Rivi 237:
	Jos jätetään kaikki vahingolliset mutaatiot huomiotta, voisiko siinä tapauksessa mutaatioiden ja luonnonvalinnan kautta syntyä uusi toimiva geeni? Yksi toimiva geeni kuvaa kirjan lukua tai toiminnallista ohjelmaa ja on vähintään 1000 kirjainta pitkä. Tällaisen tuhannen kirjaimen mittaisen geenin synnyssä on kuitenkin ongelmansa.		Jos jätetään kaikki vahingolliset mutaatiot huomiotta, voisiko siinä tapauksessa mutaatioiden ja luonnonvalinnan kautta syntyä uusi toimiva geeni? Yksi toimiva geeni kuvaa kirjan lukua tai toiminnallista ohjelmaa ja on vähintään 1000 kirjainta pitkä. Tällaisen tuhannen kirjaimen mittaisen geenin synnyssä on kuitenkin ongelmansa.

	=== 1. Ensimmäisen halutun mutaation määrittely. ===		=== 1. Ensimmäisen halutun mutaation määrittely ===

	Yksittäisellä nukleotidilla ei ole merkitystä yksinään, vaan vain ympäröivien nukleotidien kontekstissa samalla tavalla kuin kirjoitetussa tekstissä yksittäisellä kirjaimella ei ole yksinään mitään erityistä merkitystä. Kokoamisohjeanalogiasta näkyy myös, että nykyisessä kontekstissa mahdolliset hyödylliset muutokset ovat hyvin vähäisiä. Uutta geeniä luotaessa on kuitenkin tarkoitus muuttaa laajemmin kontekstia. Samalla kun yksittäistä nukleotidia pyrittäisiin kehittämään ympäröivien nukleotidien kontekstissa, tuhotaan tätä kontekstia kyseisen nukleotidin ympäristössä, sillä muitakin nukleotideja täytyy muuttaa.		Yksittäisellä nukleotidilla ei ole merkitystä yksinään, vaan vain ympäröivien nukleotidien kontekstissa samalla tavalla kuin kirjoitetussa tekstissä yksittäisellä kirjaimella ei ole yksinään mitään erityistä merkitystä. [[Eliömaailma_rappeutuu_(kirja)#Luku_2:_Ovatko_sattumanvaraiset_mutaatiot_hyviä\|Kokoamisohjeanalogiasta]] näkyy myös, että nykyisessä kontekstissa mahdolliset hyödylliset muutokset ovat hyvin vähäisiä. Uutta geeniä luotaessa on kuitenkin tarkoitus muuttaa laajemmin kontekstia. Samalla kun yksittäistä nukleotidia pyrittäisiin kehittämään ympäröivien nukleotidien kontekstissa, tuhotaan tätä kontekstia kyseisen nukleotidin ympäristössä, sillä muitakin nukleotideja täytyy muuttaa.

	=== 2. Ensimmäistä mutaatiota odotellessa ===		=== 2. Ensimmäistä mutaatiota odotellessa ===
Rivi 307:		Rivi 307:
	=== Johtopäätökset ===		=== Johtopäätökset ===

	Geenien täytyy olla suunniteltuja, eivätkä ne ole voineet kehittyä. Suurimman osan käyttökelpoisesta vaihtelusta täytyykin olla suunniteltua. Sopeuttavaa valintaa kuitenkin tapahtuu, mutta se ei johdu satunnaisten mutaatioiden tuottamasta uudesta informaatiosta, vaan jo olemassa olevan vaihtelupotentiaalin puitteissa tapahtuvasta hienosäädöstä. Kyse on alunperinkin segregoitumaan ja rekombinoitumaan suunniteltujen rakenteiden segregoitumisesta ja rekombinoitumisesta. Tällä tavoin syntyy valtava määrä muuntelupotentiaalia, sillä jo yhden ihmisparin jälkeläisille voi tulla valtava määrä erilaisia muunnoksia. Tällaisen muuntelun kanssa luonnonvalintakin toimii tehokkaimmin. Samoin kuin järjestetyssä korttipakassa informaatio on suurimmillaan alussa ja monimuotoisuus useamman pelikierroksen jälkeen, ei ihmiselläkään alun jälkeen tarvita uutta informaatiota.		Geenien täytyy olla suunniteltuja, eivätkä ne ole voineet kehittyä. Suurimman osan käyttökelpoisesta vaihtelusta täytyykin olla suunniteltua. Sopeuttavaa valintaa kuitenkin tapahtuu, mutta se ei johdu satunnaisten mutaatioiden tuottamasta uudesta informaatiosta, vaan jo olemassa olevan vaihtelupotentiaalin puitteissa tapahtuvasta hienosäädöstä. Kyse on alunperinkin segregoitumaan ja rekombinoitumaan suunniteltujen rakenteiden segregoitumisesta ja rekombinoitumisesta. Tällä tavoin syntyy valtava määrä muuntelupotentiaalia, sillä jo yhden ihmisparin jälkeläisille voi tulla valtava määrä erilaisia muunnoksia. Tällaisen muuntelun kanssa luonnonvalintakin toimii tehokkaimmin. Samoin kuin järjestetyssä korttipakassa informaatio on suurimmillaan alussa ja monimuotoisuus useamman pelikierroksen jälkeen, ei ihmiselläkään alun jälkeen tarvita uutta informaatiota.

	== Luku 10: Vastaako laskeva käyrä todellisuutta? ==		== Luku 10: Vastaako laskeva käyrä todellisuutta? ==

Philologos: Oikolukua; DNA:n kirjoitusasu on johdonmukaista pitää kautta linjan versaalina

2020-08-27T18:53:00Z

Oikolukua; DNA:n kirjoitusasu on johdonmukaista pitää kautta linjan versaalina

Näytä muutokset

Samuli Koivisto: /* Geneettisen entropian validointi todellisissa populaatioissa */ vaihdettu pisteen paikka

2020-07-25T18:42:00Z

Geneettisen entropian validointi todellisissa populaatioissa: vaihdettu pisteen paikka

← Vanhempi versio		Versio 25. heinäkuuta 2020 kello 18.42
Rivi 357:		Rivi 357:
	Sanford on tutkinut H1N1-influenssavirusta, joka aiheutti suuren pandemian vuonna 1918.<ref name="carterjasanford2012" /> Ensin tehtiin numeerisia simulaatiokokeita influenssavirusta vastaavalla RNA-viruksmallilla.<ref>{{Lehtiviite \| Tekijä = Brewer, W., F. Smith and J. Sanford \| Otsikko = Information loss: potential for accelerating natural genetic attenuation of RNA viruses \| Julkaisu = Marks II R.J. ym. (toim.) Biological Information – New Perspectives \| Ajankohta = 2013 \| Numero = \| Sivut = 369-384 \| www = http://www.worldscientific.com/doi/pdf/10.1142/9789814508728_0015 \| Viitattu = 12.7.2020}}</ref> Näiden simulaatioiden tuloksena on, että haitallisia mutaatioita kertyy tasaisesti ja nopeasti viruksen perimään ja sen taudinaiheutuskyky laskee nopeasti. H1N1-virusnäytteitä on kerätty vuosikymmenten ajan, ja näistä näytteistä viruksen perimä on sekvensoitu, joten tätä aineistoa voitiin käyttää simulaatioiden tulosten vertailemiseksi todelliseen aineistoon. Myös tästä aineistosta havaittiin, että mutaatioita kertyi tasaisesti ja viruksen taudinaiheutuskyky laski samaa tahtia. Virus katosikin vuonna 2009, kun 10% viruksen perimästä oli mutatoitunut. Tämä vertailu vahvisti, että Mendel’s accountant -ohjelmalla saadaan simuloitua todellisuutta vastaavasti mutaatioiden ja valinnan toimintaa.		Sanford on tutkinut H1N1-influenssavirusta, joka aiheutti suuren pandemian vuonna 1918.<ref name="carterjasanford2012" /> Ensin tehtiin numeerisia simulaatiokokeita influenssavirusta vastaavalla RNA-viruksmallilla.<ref>{{Lehtiviite \| Tekijä = Brewer, W., F. Smith and J. Sanford \| Otsikko = Information loss: potential for accelerating natural genetic attenuation of RNA viruses \| Julkaisu = Marks II R.J. ym. (toim.) Biological Information – New Perspectives \| Ajankohta = 2013 \| Numero = \| Sivut = 369-384 \| www = http://www.worldscientific.com/doi/pdf/10.1142/9789814508728_0015 \| Viitattu = 12.7.2020}}</ref> Näiden simulaatioiden tuloksena on, että haitallisia mutaatioita kertyy tasaisesti ja nopeasti viruksen perimään ja sen taudinaiheutuskyky laskee nopeasti. H1N1-virusnäytteitä on kerätty vuosikymmenten ajan, ja näistä näytteistä viruksen perimä on sekvensoitu, joten tätä aineistoa voitiin käyttää simulaatioiden tulosten vertailemiseksi todelliseen aineistoon. Myös tästä aineistosta havaittiin, että mutaatioita kertyi tasaisesti ja viruksen taudinaiheutuskyky laski samaa tahtia. Virus katosikin vuonna 2009, kun 10% viruksen perimästä oli mutatoitunut. Tämä vertailu vahvisti, että Mendel’s accountant -ohjelmalla saadaan simuloitua todellisuutta vastaavasti mutaatioiden ja valinnan toimintaa.

	Sanford on myös arvioinut uudestaan Lenskin ''e.coli''-bakteerikokeen<ref name="Barrick2009" />{{,}}<ref name="Lenski2011" />. Koe on jatkunut vuodesta 1988, mutta on silti vielä hyvin lyhyt yli 50 000 solunjakautumisesta huolimatta. Bakteereilla mutaationopeus on ainakin tuhat kertaa RNA-viruksia pienempi ja Lenskin ''e.coli''-bakteereihin on kertynyt vain muutama sata mutaatiota yli neljän miljoonan nukleotidin perimään, samalla kun H1N1-viruksella yli 10% perimästä mutatoitui. Näin ollen RNA-viruksilla havaittuja rappeutumisen ääri-ilmiöitä bakteereilla nähdäkseen Lenskin kokeen pitäisi jatkua vuosisatoja.		Sanford on myös arvioinut uudestaan Lenskin ''e.coli''-bakteerikokeen.<ref name="Barrick2009" />{{,}}<ref name="Lenski2011" /> Koe on jatkunut vuodesta 1988, mutta on silti vielä hyvin lyhyt yli 50 000 solunjakautumisesta huolimatta. Bakteereilla mutaationopeus on ainakin tuhat kertaa RNA-viruksia pienempi ja Lenskin ''e.coli''-bakteereihin on kertynyt vain muutama sata mutaatiota yli neljän miljoonan nukleotidin perimään, samalla kun H1N1-viruksella yli 10% perimästä mutatoitui. Näin ollen RNA-viruksilla havaittuja rappeutumisen ääri-ilmiöitä bakteereilla nähdäkseen Lenskin kokeen pitäisi jatkua vuosisatoja.

	Tarkemmin katsottuna Lenskin aineisto kuitenkin osoittaa rappeutumista. E.coli -bakteerit elävät hyvin keinotekoisessa ympäristössä, ja tähän ympäristöön sopeuttavat muutokset ovat aina hajottaneet jonkin toiminnon tai säätelymekanismin. Tässä keinotekoisessa ympäristössä bakteerit eivät tarvitse puoliakaan genominsa informaatiosta, joten tässä ympäristössä eläessään näiden turhien toimintojen ja säätelymekanismien tuhoutuminen jatkuu. Lopulta bakteerit ovat sopeutuneet niin, että ne voivat elää vain tässä keinotekoisessa ympäristössä, jolloin on saavutettu suurin energiatehokkuus ja näin tehokkain lisääntyminen juuri tässä ympäristössä. Tähän tilanteeseen pääsemiseen voi mennä vuosisatoja.		Tarkemmin katsottuna Lenskin aineisto kuitenkin osoittaa rappeutumista. E.coli -bakteerit elävät hyvin keinotekoisessa ympäristössä, ja tähän ympäristöön sopeuttavat muutokset ovat aina hajottaneet jonkin toiminnon tai säätelymekanismin. Tässä keinotekoisessa ympäristössä bakteerit eivät tarvitse puoliakaan genominsa informaatiosta, joten tässä ympäristössä eläessään näiden turhien toimintojen ja säätelymekanismien tuhoutuminen jatkuu. Lopulta bakteerit ovat sopeutuneet niin, että ne voivat elää vain tässä keinotekoisessa ympäristössä, jolloin on saavutettu suurin energiatehokkuus ja näin tehokkain lisääntyminen juuri tässä ympäristössä. Tähän tilanteeseen pääsemiseen voi mennä vuosisatoja.

Samuli Koivisto: /* Aiheesta muualla */ +linkki

2020-07-19T16:50:12Z

Aiheesta muualla: +linkki

← Vanhempi versio		Versio 19. heinäkuuta 2020 kello 16.50
Rivi 396:		Rivi 396:
	== Aiheesta muualla ==		== Aiheesta muualla ==
	*{{Verkkoviite \| Nimeke = Kriitikko ei välitä tosiasioista Genetic Entropy -kirjan arviossaan \| Osoite = https://luominen.fi/kriitikko-ei-valita-tosiasioista-genetic-entropy-kirjan-arviossaan \| Viitattu = 4.7.2020 \| Selite = \| Tekijä =Dr John Sanford \| Julkaisija = luominen.fi \| Ajankohta = }}		*{{Verkkoviite \| Nimeke = Kriitikko ei välitä tosiasioista Genetic Entropy -kirjan arviossaan \| Osoite = https://luominen.fi/kriitikko-ei-valita-tosiasioista-genetic-entropy-kirjan-arviossaan \| Viitattu = 4.7.2020 \| Selite = \| Tekijä =Dr John Sanford \| Julkaisija = luominen.fi \| Ajankohta = }}
			*[https://www.geneticentropy.org/ geneticentropy.org -verkkosivu]

	== Viitteet ==		== Viitteet ==

Samuli Koivisto: +uusi sisäinen linkki

2020-07-19T14:56:27Z

+uusi sisäinen linkki

← Vanhempi versio		Versio 19. heinäkuuta 2020 kello 14.56
Rivi 1:		Rivi 1:
	'''Eliömaailma rappeutuu – geneettinen entropia ja perimän salaisuus''' on eläkkeellä olevan Cornellin yliopiston genetiikan professorin '''John Sanford'''in kirjoittama kirja, jossa hän käsittelee evoluutioteorian perusmekanismeja, mutaatiota ja luonnonvalintaa ja niiden kykyjä selittää luonnon nykyinen monimuotoisuus.		'''Eliömaailma rappeutuu – geneettinen entropia ja perimän salaisuus''' on eläkkeellä olevan Cornellin yliopiston genetiikan professorin '''John Sanford'''in kirjoittama kirja, jossa hän käsittelee evoluutioteorian perusmekanismeja, mutaatiota ja luonnonvalintaa ja niiden kykyjä selittää luonnon nykyinen monimuotoisuus. Kirjaa vastaan esitettyä kritiikkiä käsitellään artikkelissa [[Eliömaailma rappeutuu -kirjan kritiikki]].

	== Luku 1: Genomi on elämän kirja, mistä se on tullut? ==		== Luku 1: Genomi on elämän kirja, mistä se on tullut? ==

Samuli Koivisto: +luokat

2020-07-19T12:25:48Z

+luokat

← Vanhempi versio		Versio 19. heinäkuuta 2020 kello 12.25
Rivi 399:		Rivi 399:
	== Viitteet ==		== Viitteet ==
	{{viitteet\|sarakkeet}}		{{viitteet\|sarakkeet}}

			[[Luokka:Kirjat]][[Luokka:Evoluutiokritiikki]]

Samuli Koivisto: otsikon korjaus, kyse on luvun 1 referaatista, ei johdannon referaatista

2020-07-16T11:20:54Z

otsikon korjaus, kyse on luvun 1 referaatista, ei johdannon referaatista

← Vanhempi versio		Versio 16. heinäkuuta 2020 kello 11.20
Rivi 1:		Rivi 1:
	'''Eliömaailma rappeutuu – geneettinen entropia ja perimän salaisuus''' on eläkkeellä olevan Cornellin yliopiston genetiikan professorin '''John Sanford'''in kirjoittama kirja, jossa hän käsittelee evoluutioteorian perusmekanismeja, mutaatiota ja luonnonvalintaa ja niiden kykyjä selittää luonnon nykyinen monimuotoisuus.		'''Eliömaailma rappeutuu – geneettinen entropia ja perimän salaisuus''' on eläkkeellä olevan Cornellin yliopiston genetiikan professorin '''John Sanford'''in kirjoittama kirja, jossa hän käsittelee evoluutioteorian perusmekanismeja, mutaatiota ja luonnonvalintaa ja niiden kykyjä selittää luonnon nykyinen monimuotoisuus.

	== ~~Johdanto~~ ==		== Luku 1: Genomi on elämän kirja, mistä se on tullut? ==

	Kunkin eliön geeniperimä sisältää kaiken eliön elämäänsä tarvitseman informaation DNA-koodissa. Dna koostuu pienistä nukleotideista kutsutuista molekyyleistä, joita kuvataan kirjaimilla A, C, T, ja G. Ihmisellä tämän koodi käsittää kaksi kolmen miljardin mittaista sarjaa. Tämän suoraviivaisen informaation lisäksi geeniperimässä on monia tietokoneohjelmalle tyypillisiä silmukoita ja haaroja. Jotkin genomin geenit säätelevät geenejä, jotka edelleen säätelevät muita geenejä. Dna onkin siis moniulotteinen ja itsesäätelevä monimutkainen kokonaisuus, jonka rinnalle ei riitä mikään ihmisen tuottama teknologia vertailukohdaksi. Kaiken lisäksi tämä informaatio on pakattu äärimmäisen pieneen tilaan solun tumaan.		Kunkin eliön geeniperimä sisältää kaiken eliön elämäänsä tarvitseman informaation DNA-koodissa. Dna koostuu pienistä nukleotideista kutsutuista molekyyleistä, joita kuvataan kirjaimilla A, C, T, ja G. Ihmisellä tämän koodi käsittää kaksi kolmen miljardin mittaista sarjaa. Tämän suoraviivaisen informaation lisäksi geeniperimässä on monia tietokoneohjelmalle tyypillisiä silmukoita ja haaroja. Jotkin genomin geenit säätelevät geenejä, jotka edelleen säätelevät muita geenejä. Dna onkin siis moniulotteinen ja itsesäätelevä monimutkainen kokonaisuus, jonka rinnalle ei riitä mikään ihmisen tuottama teknologia vertailukohdaksi. Kaiken lisäksi tämä informaatio on pakattu äärimmäisen pieneen tilaan solun tumaan.

Samuli Koivisto: +liite 4

2020-07-13T09:15:43Z

+liite 4

← Vanhempi versio		Versio 13. heinäkuuta 2020 kello 09.15
Rivi 368:		Rivi 368:

	''Biological Information – New Perspectives'' -kirja on julkaistu<ref>{{Kirjaviite \| Tekijä = Marks, II R.J., M.J. Behe, W.A. Dembski, B.L. Gordon, ja J.C. Sanford \| Nimeke = Biological Information – New Perspectives \| Julkaisija = World Scientific Publishing Co., Singapore \| Vuosi = 2013 \| Kappale = \| Sivu = 1-559 \| Selite = \| www = http://www.worldscientific.com/worldscibooks/10.1142/8818 \| viitattu = 13.7.2020 }}</ref>, massiivinen ENCODE-projekti on osoittanut, että suurin osa ihmisen geeniperimästä on toiminnallista<ref>{{Lehtiviite \| Tekijä = The ENCODE Project Consortium \| Otsikko = Identification and analysis of functional elements in 1% of the human genome by the ENCODE pilot project \| Julkaisu = Nature \| Ajankohta = 2007 \| Numero = 447 \| Sivut = 799-816 \| Tunniste = \| Viitattu = }}</ref>{{,}}<ref name="encode2012" /> ja myös Lynchin julkaisu vuodelta 2010 osoittaa ihmisen genomin rappeutuvan nopeasti.<ref name="lynch2010" />		''Biological Information – New Perspectives'' -kirja on julkaistu<ref>{{Kirjaviite \| Tekijä = Marks, II R.J., M.J. Behe, W.A. Dembski, B.L. Gordon, ja J.C. Sanford \| Nimeke = Biological Information – New Perspectives \| Julkaisija = World Scientific Publishing Co., Singapore \| Vuosi = 2013 \| Kappale = \| Sivu = 1-559 \| Selite = \| www = http://www.worldscientific.com/worldscibooks/10.1142/8818 \| viitattu = 13.7.2020 }}</ref>, massiivinen ENCODE-projekti on osoittanut, että suurin osa ihmisen geeniperimästä on toiminnallista<ref>{{Lehtiviite \| Tekijä = The ENCODE Project Consortium \| Otsikko = Identification and analysis of functional elements in 1% of the human genome by the ENCODE pilot project \| Julkaisu = Nature \| Ajankohta = 2007 \| Numero = 447 \| Sivut = 799-816 \| Tunniste = \| Viitattu = }}</ref>{{,}}<ref name="encode2012" /> ja myös Lynchin julkaisu vuodelta 2010 osoittaa ihmisen genomin rappeutuvan nopeasti.<ref name="lynch2010" />

			== Liite 4: Voivatko geeniduplikaatio ja polyploidia kasvattaa geneettistä informaatiota? ==

			Duplikaatiossa yhdestä tai muutamasta nukleotidista yhteen tai kaikkiin kromosomeihin voivat kopioitua toiseksi kopioksi. Polyploidiasta on kyse, kun kaikki kromosomit kahdentuvat. Voivatko nämä tuottaa uutta informaatiota?

			Jos tämän artikkelin kaikki kirjaimet tai kaikki kappaleet olisi kirjoitettu kahteen kertaan, tekisikö se tästä artikkelista paremman? On selvää, että kaikki tällaiset kahdentumiset laajuudesta riippumatta ovat vahingollisia. Duplikaatioita uuden informaation luojana pitävät vain ne, jotka uskovat kaikkivoipaan valintaan, mutta on selvää, että siinä, missä valinta voi hidastaa perimän tuhoutumista, se ei voi pysäyttää sitä. Suurin osa duplikaatioistakin on vahingollisia ja lähes neutraaleita.

			Jos ihmisen koko perimä kahdentuu, se johtaa kuolemaan. Jos yksi kromosomi kahdentuu, se johtaa kuolemaan, jos kyseessä on iso kromosomi, pienempien kromosomien tapauksessa se johtaa vakaviin ongelmiin, esimerkiksi 21-kromosomin ylimääräinen kopio Downin oireyhtymään. Tunnetaan myös lukuisia pienempiä duplikaatioita, jotka aiheuttavat perinnöllisiä sairauksia.

			Jos johonkin geeniin on tullut vahingollisia muutoksia ja tämä sitten duplikoituu, ei tämä lisää informaatiota. Itse asiassa tämä heikentää valintaa, sillä tällöin geenille on olemassa varmuuskopio, joten vahingolliset muutokset eivät tule niin nopeasti esiin. Duplikaation jälkeen kahdentuneista geeneistä toinen ei myöskään pysy muuttumattomana, vaan siihenkin tulee mutaatioita yhtä nopeasti kuin toiseen kopioonkin. Näin ne rappeutuvat molemmat käytännössä yhtä nopeasti. Lisäksi geenien konversio voi aiheuttaa mutaatioiden siirtymistä kahdentuneiden geenien välillä, jolloin myös se geeni, johon mutaatiota ei alun perin tullut, saa sen.

			Koska on olemassa polyploidisia kasveja, on väitetty, että nämä osoittavat duplikaatioiden olevan hyödyllisiä. Jos kasvien ei-sukulinjaan kuuluvia soluja altistetaan kolkkisiini-nimiselle kemikaalille, se saa aikaan solunjakautumiseen kromosomit kahdentavan häiriön. Tällaiset kasvit ovat lisääntymiskyvyttömiä ja kitukasvuisia, sillä ne tuhlaavat kaksi kertaa enemmän energiaa DNA:n tuottamiseen ilman, että tästä on mitään hyötyä kasville. Lisäksi iso määrä geenejä säätelevästä informaatiosta riippuu geenien määrästä, joten nämä säätelymekanismit rikkoutuvat ja näin menetetään informaatiota.

			Jos polyploidia saa alkunsa sukusoluista (suvullinen polyploidia), joissa kumpikin on jäänyt vähennysjakautumatta, niin tällöin kyseisen yksilön informaatio kasvaa, sillä molempien vanhempien koko informaatio yhdistyy tällä yksilöllä. Kokonaisinformaatio ei kuitenkaan kasva, sillä kahden vanhemman vain jo olemassa ollut informaatio yhdistyy.

			Suvullisessa polyploidiassa yhdellä kasvilla voi olla neljä versiota samasta geenistä (esim. peruna). Näin ollen kolme näistä voi mutatoitua rikki, mutta niin kauan kuin neljäs toimii, kasvilla ei ole mitään hätää. Näin ne toimivat varmuuskopioina hidastamassa rappeutumista. Hintana tällaisesta varmuuskopiojärjestelmästä on se, ettei valinta pysty poistamaan mutaatioita erityisen tehokkaasti, jolloin pitkällä aikavälillä rappeutuminen on vielä varmempaa.

			Jos polyploidian hyötynä on lyhyellä aikavälillä rappeutumisen hidastaminen, sama pätee myös saman geenin eri puolilla genomia olevien kopioiden hyötyihin. Yleensä kun tällainen kopio löytyy, oletetaan vain sen olevan seurausta muinaisesta duplikaatiosta. Lisäksi yleensä oletetaan, että mutaatiot ovat myöhemmin tuottaneet eroja näihin kopioihin. Tämä on kuitenkin vain teoreettista päättelyä, eikä havaintoja. Saman geenin eri kopiot voivat selittyä myös varmuuskopioina tai monimutkaisen geenien säätelyn osana.

			Duplikaatio voi joissain erittäin harvinaisissa tapauksissa olla itsessään hyödyllinen, tällöin kyse on geenin ilmentymän voimistumisesta. Se on lähes aina vahingollista, sillä yhden geenin ilmentymisen muutos häiritsee myös muiden geenien ilmentymistä. Tämä näkyy erityisesti geenimuuntelua toteutettaessa, jolloin kasveille tulee erilaisia geneettisiä vikoja satunnaisiin genomin paikkoihin lisätyistä geeneistä. Samalla tavalla duplikaatiotkin rikkovat genomin kokonaisfunktiota. Joskus harvoin kuitenkin geenin ilmentymisen voimistuminen voi olla hyödyllistä. Tähän tarkoitukseen duplikaatio on kuitenkin hyvin tehoton tapa, eikä kehitys voi olla aina näin johdonmukaisen tehotonta.

			Ajatus siitä, että geeniduplikaation kautta voi syntyä uutta informaatiota, johtuu siitä, ettei evoluutiota voida nähdä muuten tapahtuneen. Lisäksi kun tätä ajatusta toistetaan riittävän kauan, siitä tulee totta. Todellisuutta tämä käsitys ei kuitenkaan vastaa.

	== Kirjallisuus ==		== Kirjallisuus ==

Samuli Koivisto: /* Muut tutkimustulokset */ viittauksen korjaus

2020-07-13T09:10:19Z

Muut tutkimustulokset: viittauksen korjaus

← Vanhempi versio		Versio 13. heinäkuuta 2020 kello 09.10
Rivi 367:		Rivi 367:
	DNA-koodin päällekkäisistä koodeista on tehty tutkimusta.<ref name="m13" /> Fisherin teoreema (Fundamental Theorem of Natural Selection) on osoitettu virheelliseksi – mutaatioiden kokonaisvaikutus ei ole neutraali, vaan negatiivinen.<ref>{{Lehtiviite \| Tekijä = Basener, William F. Ja John C. Sanford \| Otsikko = The fundamental theorem of natural selection with mutations \| Julkaisu = Journal of Mathematical Biology \| Ajankohta = 2018 \| Numero = 76 \| Sivut = 1589–1622 \| www = https://link.springer.com/article/10.1007/s00285-017-1190-x \| Viitattu = 13.7.2020 }}</ref>		DNA-koodin päällekkäisistä koodeista on tehty tutkimusta.<ref name="m13" /> Fisherin teoreema (Fundamental Theorem of Natural Selection) on osoitettu virheelliseksi – mutaatioiden kokonaisvaikutus ei ole neutraali, vaan negatiivinen.<ref>{{Lehtiviite \| Tekijä = Basener, William F. Ja John C. Sanford \| Otsikko = The fundamental theorem of natural selection with mutations \| Julkaisu = Journal of Mathematical Biology \| Ajankohta = 2018 \| Numero = 76 \| Sivut = 1589–1622 \| www = https://link.springer.com/article/10.1007/s00285-017-1190-x \| Viitattu = 13.7.2020 }}</ref>

	''Biological Information – New Perspectives'' -kirja on julkaistu<ref>{{Kirjaviite \| Tekijä = Marks, II R.J., M.J. Behe, W.A. Dembski, B.L. Gordon, ja J.C. Sanford \| Nimeke = Biological Information – New Perspectives \| Julkaisija = World Scientific Publishing Co., Singapore \| Vuosi = 2013 \| Kappale = \| Sivu = 1-559 \| Selite = \| www = http://www.worldscientific.com/worldscibooks/10.1142/8818 \| viitattu = 13.7.2020 }}</ref>, massiivinen ENCODE-projekti on osoittanut, että suurin osa ihmisen geeniperimästä on toiminnallista<ref>{{Lehtiviite \| Tekijä = The ENCODE Project Consortium \| Otsikko = Identification and analysis of functional elements in 1% of the human genome by the ENCODE pilot project \| Julkaisu = Nature \| Ajankohta = 2007 \| Numero = 447 \| Sivut = 799-816 \| Tunniste = \| Viitattu = }}</ref>{{,}}<ref name="encode2012"> ja myös Lynchin julkaisu vuodelta 2010 osoittaa ihmisen genomin rappeutuvan nopeasti.<ref name="lynch2010" />		''Biological Information – New Perspectives'' -kirja on julkaistu<ref>{{Kirjaviite \| Tekijä = Marks, II R.J., M.J. Behe, W.A. Dembski, B.L. Gordon, ja J.C. Sanford \| Nimeke = Biological Information – New Perspectives \| Julkaisija = World Scientific Publishing Co., Singapore \| Vuosi = 2013 \| Kappale = \| Sivu = 1-559 \| Selite = \| www = http://www.worldscientific.com/worldscibooks/10.1142/8818 \| viitattu = 13.7.2020 }}</ref>, massiivinen ENCODE-projekti on osoittanut, että suurin osa ihmisen geeniperimästä on toiminnallista<ref>{{Lehtiviite \| Tekijä = The ENCODE Project Consortium \| Otsikko = Identification and analysis of functional elements in 1% of the human genome by the ENCODE pilot project \| Julkaisu = Nature \| Ajankohta = 2007 \| Numero = 447 \| Sivut = 799-816 \| Tunniste = \| Viitattu = }}</ref>{{,}}<ref name="encode2012" /> ja myös Lynchin julkaisu vuodelta 2010 osoittaa ihmisen genomin rappeutuvan nopeasti.<ref name="lynch2010" />

	== Kirjallisuus ==		== Kirjallisuus ==